SMK Yapenas memiliki gedung lantai 2, hampir setiap bangunan didesain bersusun dikarenakan luas tanah yang sudah dipergunakan hampir seluruhnya untuk bangunan. Di SMK Yapenas sendiri tidak ada pungutan Uang Gedung, karna bangunan gedung telah tersedia full dengan fasilitasnya meliputi :
- Tempat Praktik sesuai dengan kompetensi keahlian yang disediakan sekolah
- Bengkel untuk Jurusan Teknik Bodi Otomotif dan Teknik Pengelasan
- Lab Busana untuk Jurusan Tata Busana
- Lab Komputer untuk Jurusan Teknik Komputer dan Jaringan
- Ruang Kelas, tersedia 15 ruang kelas yang aktif dan layak pakai dengan fasilitas pembelajaran yang sesuai standar nasional juga dengan pengolahan ruang, pencahayaan dan siklus udara yang benar sehingga memberikan kenyamanan bagi peserta didik maupun bapak/ ibu guru untuk melaksanakan proses belajar mengajar setiap harinya.
- Ruang Perpustakaan yang berada di gedung lantai 2, dengan konsep Perpustakaan Lesehan yang diharapkan dapat memberikan kenyamanan bagi peserta didik yang ingin belajar maupun membaca di tempat. Ruang Perpustakaan masih bermodel minimalis namun untuk kelengkapan buku dan dan modul belajar sudah memadai sesuai dengan kurikulum K13 Revisi yang sedang dijalankan sekolah.
- Taman dan Kantin, Posisi taman yang tepat berada di tengah halaman sekolah memang di desain sebagai tempat para siswa untuk dapat beristirahat maupun bersantai saat jam istirahat berlangsung dengan dipayungi rindangnya pepohonan dan tanaman-tanaman disekitar taman. Posisi kantin pun berada di dalam lingkungan sekolah sehingga lebih efisien waktu bagi para siswa saat jam istirahat berlangsung.
- Tempat Parkir, sekolah juga memfasilitasi tempat parkir bagi siswa maupun bapak/ ibu guru yang membawa kendaraan, namun karena terbatasnya luas halaman kosong yang tersedia di dalam lingkungan sekolah kita bekerjasama dengan warga sekitar dengan menyewakan halaman warga untuk penitipan, tentunya dengan tarif yang tidak memberatkan.
- WIFI Area, yang tidak kalah penting dari semua fasilitas diatas adalah tersediannya free Wifi bagi seluruh warga sekolah. Para siswa dapat mengakses Wifi secara Gratis dan juga dipergunakan dalam proses pembelajaran yang telah dituntut berbasis teknologi.
